Както навсякъде по Черномороето, християнството се е появило рано в Поморие (тогавашно Анхиало). Съществуват данни, че християнски монаси са идвали в града още през 3-4в. а през 7в. вече съществува храм или манастир, посветен на Св. Георги. През 812г. Анхиало е превзет от хан Крум, а към 894г. там е създадена българска църковна организация. От края на 13в. Анхиалският епископ е почетен със сан митрополит. През 14в. Поморийският манастир е разрушен от турците.

В края на 17в., турчина Селим Бей, който според легендата е бил неизлечимо болен, се заселва тук и построява чифлик на мястото на предишния манастир. Една нощ на Селим Бей му се присънило, че намира лековита вода в имението си. На сутринта започнал да търси мястото и намерил мраморен барелеф на Св. Георги, под който бликнала водата от съня му. Селим Бей пил от нея и оздравял. Според легендата след тази случка Селим Бей и цялото му семейство приели християнството. Барелефът на Св. Георги все още се пази и може да се види в манастира.

Селим Бей също така построил малък параклис до аязмото, който дал началото на сегашния манастир. След като овдовял, Селим Бей дарил земите си на манастира и станал първия му игумен, a след смъртта си бил погребан до аязмото. Сегашната църква е построена през 1856г. върху основите на предишния храм.

Church Pomorie Monastery, Църква Поморийски Манастир

 През 1906г. Поморийският манастир става собственост на Бургаската постоянна комисия, която раздава земята под наем на преселници от Тракия и Македония. От 1935г. манастира е предаден на Сливенската Митрополия със съвсем малък имот, недостатъчен за издръжката на светата обител. Тогавашният Сливенски митрополит Иларион обаче развива дейност за манастирското възраждане и укрепване. Владиката открива в манастира опреснителен курс за малограмотните български свещеници. Уредена е и кухня и 40 легла за курсистите. Наскоро след това са събрани помощи за ремонтиране и разширяване на сградите. Малко по-късно, от Троянския манастир в светата обител пристига монах Стефан, който става игумен. През 1966г. в манастира е построена 20-метрова кула – камбанария.

 Поморийски Манастир Камбанария Аязмо, holy spring pomorie monastery bell tower

След като Поморийския манастирът бива предаден на Сливенска митрополия, игумени стават български монаси. През 1933г. за игумен на манастира е назначен монах Стефан, който разширява манастирския храм и строи два странични престола посветени на св.Николай Мирликийски и св. Вяра, Надежда и Любов. През 1949г. игумен на манастира става архим. Доротей от София. По негово време укрепва стопанската дейност на манастир и са насадени 45 декара лозя. От 1971г. игумен става Пахомий Василев, който превръща манастирския двор в изключително красива градина. От 2005г. досега игумен на светата обител е йеромонах Иеротей. Той започва издаването на “Манастирски лист” – печатно духовно издание на манастира и създава собствен интернет сайт на манастира.

Храмовият празник на Поморийския манастир е на 6 май и той се явява и празник на град Поморие. Празникът е съпътстван от тридневен панаир, на който се стичат богомолци и търговци от цяла Тракия.