Както навсякъде по Черномороето, християнството се е появило рано в Поморие (тогавашно Анхиало). Съществуват данни, че християнски монаси са идвали в града още през 3-4в. а през 7в. вече съществува храм или манастир, посветен на Св. Георги. През 812г. Анхиало е превзет от хан Крум, а към 894г. там е създадена българска църковна организация. От края на 13в. Анхиалският епископ е почетен със сан митрополит. През 14в. Поморийският манастир е разрушен от турците.
В края на 17в., турчина Селим Бей, който според легендата е бил неизлечимо болен, се заселва тук и построява чифлик на мястото на предишния манастир. Една нощ на Селим Бей му се присънило, че намира лековита вода в имението си. На сутринта започнал да търси мястото и намерил мраморен барелеф на Св. Георги, под който бликнала водата от съня му. Селим Бей пил от нея и оздравял. Според легендата след тази случка Селим Бей и цялото му семейство приели християнството. Барелефът на Св. Георги все още се пази и може да се види в манастира.
Селим Бей също така построил малък параклис до аязмото, който дал началото на сегашния манастир. След като овдовял, Селим Бей дарил земите си на манастира и станал първия му игумен, a след смъртта си бил погребан до аязмото. Сегашната църква е построена през 1856г. върху основите на предишния храм.
През 1906г. Поморийският манастир става собственост на Бургаската постоянна комисия, която раздава земята под наем на преселници от Тракия и Македония. От 1935г. манастира е предаден на Сливенската Митрополия със съвсем малък имот, недостатъчен за издръжката на светата обител. Тогавашният Сливенски митрополит Иларион обаче развива дейност за манастирското възраждане и укрепване. Владиката открива в манастира опреснителен курс за малограмотните български свещеници. Уредена е и кухня и 40 легла за курсистите. Наскоро след това са събрани помощи за ремонтиране и разширяване на сградите. Малко по-късно, от Троянския манастир в светата обител пристига монах Стефан, който става игумен. През 1966г. в манастира е построена 20-метрова кула – камбанария.
След като Поморийския манастирът бива предаден на Сливенска митрополия, игумени стават български монаси. През 1933г. за игумен на манастира е назначен монах Стефан, който разширява манастирския храм и строи два странични престола посветени на св.Николай Мирликийски и св. Вяра, Надежда и Любов. През 1949г. игумен на манастира става архим. Доротей от София. По негово време укрепва стопанската дейност на манастир и са насадени 45 декара лозя. От 1971г. игумен става Пахомий Василев, който превръща манастирския двор в изключително красива градина. От 2005г. досега игумен на светата обител е йеромонах Иеротей. Той започва издаването на “Манастирски лист” – печатно духовно издание на манастира и създава собствен интернет сайт на манастира.
Храмовият празник на Поморийския манастир е на 6 май и той се явява и празник на град Поморие. Празникът е съпътстван от тридневен панаир, на който се стичат богомолци и търговци от цяла Тракия.